김건모 사건에 대한 검찰과 경찰의 입장이 엇갈렸다. 서울중앙지검은 김건모의 성폭행 의혹과 관련, 기소의견으로 사건을 송치하려 했던 강남경찰서에 두 차례에 걸쳐 반려했다.
검찰은 마지못해 서류를 받았고 송치 당일에도 보완수사가 필요하다고 했지만 수사 담당 경찰관의 강력 어필로 기소의견 송치가 이뤄졌다. 검찰은 사건을 여러번 되돌려 보내는 과정에서 '사안 송치'까지 거론한 것으로 알려졌다. 사안송치는 이례적인 일로 검찰이 경찰의 실제 수사 내용 자체가 불필요하다 봤다는 것이다.
이런 가운데 김건모는 피해를 주장하는 여성 A씨를 상대로 명예훼손 및 무고 등의 혐의로 고소했다. 또 성폭행 의혹을 최초로 폭로한 유튜브 채널 가로세로연구소(이하 가세연) 때문에 전국투어 콘서트를 취소하는 등 100억원여에 달하는 손해를 본데다 김건모 모친인 이선미 여사 또한 건강에 이상이 생겼다며 100억원여의 규모에 달하는 손해배상 소송을 준비 중이다.