필 존스는 2009년 블랙번과 성인 계약을 맺고 두 시즌 간 35경기에 출전했다. 2년 뒤 블랙번에서의 활약으로 당시 알렉스 퍼거슨 맨유 감독의 눈에 들었고 이적료 1,650만 파운드(약 245억 원)에 맨유로 이적했다.
이적 첫 시즌엔 41경기에 출전했지만 그후 잦은 부상으로 많은 경기에 나서지 못하며 기대만큼 성장하지 못했다.
19일 (한국시각) 영국 매체 '더 선'은 "필 존스가 이번 시즌 맨유의 챔피언스리그 참가 선수 명단에서 제외된 후 화가 났고 겨울 이적시장에서 팀을 떠날 것"이라고 보도했다.