'프듀' 시리즈는 7월 '프듀X' 생방송 파이널 무대 방송 후 공개된 연습생들의 득표수가 특정 숫자의 배열로 이뤄졌다는 의혹이 제기되며 투표조작논란에 휘말렸다. 시청자들은 진상규명위원회를 꾸려 제작진과 Mnet을 검찰에 고소 고발했고, 경찰은 조사과정에서 '프듀X' 뿐 아니라 전 시리즈가 조작된 정황을 파악하고 김용범CP와 안준영PD를 구속했다.
경찰의 기소 후 사건을 조사했던 검찰은 5일 국회에 공소장을 제출했다. 이에 따르면 김용범CP는 2017년 '프듀2' 방송 당시 최종 데뷔조에 들었던 A 연습생의 온라인 및 생방송 문자투표 득표수를 조작해 순위권 밖으로 밀어냈다. 대신 11위권 밖에 있던 B연습생의 득표수를 조작해 워너원에 포함시켰다. 안준영CP 또한 '프듀1'에서 1차 탈락자 투표 결과를 조작해 합격자와 탈락자를 뒤바꿨다.
추측이 현실로 드러나며 팬들은 큰 충격에 빠졌다. 팬들은 워너원 멤버가 될 자격이 있었음에도 김CP 때문에 기회를 박탈당한 A 연습생이 김종현일 것이라며 성명서를 발표했다. 워너원으로 활동했던 하성운은 공식 팬카페에 "혹시나. 걱정말아요"라는 글을 남겨 팬들을 안심시켰다.