하지만 지난시즌 후반 기류가 바뀌었다. 박지성은 좀처럼 출전 기회를 얻지 못했다. 퍼거슨 감독은 박지성의 역할을 제한했다. 경기를 리드하고 있거나 뒤지고 있을 때 교체 출전시켜 수비적인 역할만 주문했다. 박지성은 버리는 선수로 취급받았다고 느낄 수밖에 없었다. 박지성은 그 동안 퍼거슨 감독에게 출전에 대한 불만을 단 한 번도 표출한 적이 없었다. 불만사항이 생기면 감독을 찾아가 곧바로 드러내는 외국 선수들과 달랐다. 동료들은 벤치만 지키던 박지성에게 '퍼거슨 감독을 찾아가 얘기해보라'고 조언했다. 박지성은 어렵게 감독실의 방문을 두드렸다. 그리고 가진 면담에서 퍼거슨 감독에게 이런 말을 들었다. "조급하게 생각하지 말고 언제든지 출전할 수 있게 몸을 만들고 있으라." 그러나 현실은 퍼거슨 감독의 말과 달랐다. 출전 기회는 주어지지 않았다. 결단이 필요했다. 아무리 맨유에서 은퇴하고 싶다하더라도 괜찮은 몸 상태를 유지하고 있는 현재 뛰지 못한다면 아무런 의미가 없다고 결론내렸다. 결국 박지성은 지난 여름 한국까지 찾아와 구애를 펼친 마크 휴즈 감독과 토니 페르난데스 구단주의 마음을 받아들여 퀸즈파크레인저스(QPR)로 둥지를 옮겼다.
사실 퍼거슨 감독의 청사진에는 더 이상 박지성의 모습은 없었다. 그래서 이적도 허락했다. 그렇지만 퍼거슨 감독은 박지성이 오해를 하지 않길 바랐다. 퍼거슨 감독은 떠나는 애제자를 위해 노력했다. 구단의 이익이 되는 이적료를 낮췄다. 박지성이 QPR에서 연봉을 더 받을 수 있게 신경썼다. 퍼거슨 감독은 미안함이 묻은 편지도 보냈다. '뛸 수 있는 기회를 주지 못한 것 때문에 무시당했다고 느낄 수 있지만 그건 결코 사실이 아니다'라는 해명성 편지였다. 또 '내 손자는 가장 좋아하던 선수 박지성을 다른 팀으로 보내자 아직도 내게 말을 하지 않는다'는 일화도 소개하며 자신이 겪은 마음고생도 내비치기도 했다.